干货丨"bond atoms missing”解决方法汇总

天玑算

lammps模拟包含键角的体系时，最常见的错误是“bond atoms missing”,这个错误产生的原因有多种，比如初始模型、边界、以及势参数都有可能造成这种错误。

模拟过程中出现这种错误时，需要准确的分析原因才能有效地解决问题，下面对这几种错误进行简单分析，并给出解决方法。

（1）建模原因

直接用lammps对包含键角的结构进行建模有点困难，一般使用第三方软件建模，如MS、packmol、moltemplate。

如果使用MS AC模块建模，有一部分原子会在盒子外面，导出之后会自动折叠到盒子内部。

这种data文件，在lammps中就不能修改盒子的尺寸，不能增加真空层，也不能修改边界条件，否则就会出现下面的情况：当用ovito查看data文件，存在“毛刺状”结构，键被拉长，在模拟的时候就会提示“bond atoms missing”，并且是在第0步就会出现错误提示。解决办法：如果是不需要和其他的结构组合，用周期性边界，不修改盒子尺寸，不增加真空层基本就可以。如果要和其他的模型进行组合，就需要参考下面的方法，在ms中去掉周期性，扩大盒子尺寸然后再导出，这样可以保证所有的原子都在盒子内部。（2）计算原因如果结构不存在以上问题，在模拟的过程中出现“bond atoms missing”，特别是跑了一些步数之后才出现这个错误，一般是因为键链接的原子因受力过大造成单个时间步内移动距离过远造成的。可能是初始结构密度过大，造成原子重叠度高，计算出来的受力过大从而出错，这时需要建模，建模时密度设小一些。也可能是势参数不准，计算出来的原子间受力不准，同样也会造成原子移动距离过大。可以先用minimize和fix nve/limit命令进行初步的最小化，等体系能量降低之后再进行常规的弛豫，有可能会解决问题。对应代码：

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minimize 1e-10 1e-10 10000 10000fix 1 all nve/limit 0.05run 50000如果以上命令解决不了，需要更换不同的势参数。“bond atoms missing”问题比较常见且难解决，当模拟出现这个问题时，可按上面的顺序尝试解决，关注分享 让科研更轻松
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